華北制藥建立了一整套較為科學的管理制度和程序，初步形成了較為完善的技術創新體系，以華北制藥集團新藥研究開發有限責任公司（新藥公司）為核心在內部三個層次上開展技術創新工作。
通過資源整合，一級研發以新藥公司為主。它建立了專業突出、分工明確的小試實驗室和中試基地，承擔著對公司發展戰略有重大影響的中長期科研開發項目和公共技術平臺建設，以及基礎應用研究。此外，一級研發還負責項目立項、小試、中試、生產轉化以及產品上市后的技術支持，同時也參與相關藥品的注冊工作和生產性試驗工作。此外，一級研發還致力于引進技術的消化吸收和再創新，以滿足生產對新技術的要求，并為成果轉化提供橋梁作用。一級研發機構還為二、三級研發機構提供技術指導。
三級研發以車間實驗組為主，致力于解決生產瓶頸問題。它的主要任務是進行生產試驗和改進生產工藝，重點解決日常生產過程中的生產工藝和產品質量問題，以提高生產指標、降低成本和提高產品質量為目標。
二級研發以組建的鏈式專業化公司的研發機構為主。它的主要工作是在短期內能夠實現產業化的新產品開發，以及新技術的引進、消化、吸收和再創新。
三級研發機構之間相互支撐，實現資源共享，建立了完整的“新藥和新技術原始創新—新產品研制開發—中試研究—產業化”的技術體系。
